Waktu perkuliahan Sekolah Tinggi Maritim Yogyakarta dimulai dari pukul 08.00 WIB sampai pukul 19.00 WIB. Sementara untuk kegiatan laboratorium dimulai dari pukul 08.00 WIB sampai pukul 16.00 WIB. Peraturan lainnya, antara lain batas lima tahun akademik untuk program D-III mengacu pada Peraturan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia No. 44/2015 tentang Standart Nasional Pendidikan Tinggi.
Aturan akademik bagi taruna dan taruni yang ingin mengambil Praktek Kerja Lapangan (PKL) dan atau Tugas Akhir (TA) serta Pendadaran harus memenuhi syarat sebagai berikut
Syarat mengambil PKL:
1.     Sudah lulus teori 110 SKS
2.     Praktek Kerja Lapangan terdiri dari enam bulan masa kerja; 180 hari dan 1.440 jam (tidak dihitung jika ada izin atau sakit)
3.     Sebelum terjun lapangan, taruna/taruni diharuskan membuat proposal pengajuan PKL yang berisi topik yang akan dipelajari dan dipraktekin di tempat PKL. Proposal terdiri dari:
1.1Â Latar Belakang
1.2Â Rumusan Masalah
1.3Â Tujuan
1.4Â Manfaat
1.5Â Metodologi
1.6Â Data Objek PKL
Syarat mengambil tugas akhir:
1.     Sudah lulus teori xxx SKS
2.     Menginput nama dosen yang diinginkan sebagai pembimbing setelah melakukan pembayaran   SPP
3.     Mengambil kartu tugas akhir di tata usaha bagian tugas akhir
4.     Mengajukan proposal tugas akhir yang terdiri dari:
1.1Â latar belakang
1.2Â rumusan masalah
1.3Â tujuan
1.4Â manfaat
1.5Â metodologi
5.     Melaksanakan ujian proposal sesuai hari dan tanggal yang telah ditentukan
6.     Mengambil data di tempat penelitian
7.     Melakukan analisis dan memberikan kesimpulan penelitian
Syarat mengajukan pendadaran tugas akhir:
1.     membawa kartu tugas akhir yang telah ditanda tangani oleh dosen pembimbing
2.     membawa bukti coever tugas akhir yang telah ditanda tangani oleh dosen pembimbing untuk    ujian
3.     menyerahkan transkrip nilai
4.     menyerahkan kartu bebas pinjam perpustakaan
5.   menyerahkan kartu pembayaran kuliah